波导反映给小智的危险感知越来越强大，小智也不得不再次警惕，甩出了三枚精灵球“喷火龙，蜥蜴王，音波龙出来吧！音波龙驼着我飞向那棵巨树哪里，喷火龙带着蜥蜴王一起过来。”说完小智和皮卡丘就乘上音波龙带着喷火空一行飞向巨树。
参天巨树周围空出了一面没有植物的地面。也方便了小智一行人的着陆。这时小智的眼睛出现了反应！（此时中午十二点）
物品：上古时空宝树（分支）！
物品介绍：
此分支为创世神阿尔宙斯创造的第一棵树的分支，此分支掌握着世界树时间与空间的能力，可以出现在不同时间不同空间，时空宝树还带有一个功能便是储存着宝可梦世界的一切信息！并且梦幻所居住的世界树便是时空宝树的主干！
作用：
一，知性：触碰树干可以进入知性领域思维跃迁，思想理性化，并获得一切宝可梦世界知识。（如果离开触碰的树干便可以脱离知性状态！）
二，药引：树叶可为大药！可以提升人类自身的特殊能力和宝可梦的资质并且没有副作用！
三，时空穿越：因为自己自身的时空之力无法控制经常会穿越到不同时间和空间（如镜面世界，冥界，究极空间）并且可以带走自身周围五米内的任何视物！有很大几率产生时空裂隙或是带回不同时空的不同视物（包括不限于：能量，生物，物品等！）
状态：活跃状态（来到次方时空以致一周体内的时空能量将在5小时内爆发再次穿越！）
看到这惊人介绍的小智震惊的表示腿有点发软，这是什么绝世大秘宝啊！不过片刻小智便反应过来，现在根本不是震惊的时候啊！这么好的秘宝被他发现了，如果不占便宜的话小智觉得自己一定会后悔的！说着便放出了所有的宝可梦“大伙！快快快薅羊毛了！喷火龙你拖着蜥蜴王使用叶刃；音波龙你拖着皮卡丘使用铁尾；比雕托着烈焰猴使用音速拳一起去这棵宝树上采取树叶，能采多少采多少，这可是十分珍惜的天材地宝啊！”看着一脸激动地小智也都意识到了此物的不凡便纷纷飞上树端采起树叶来，震惊它们的是音波龙准天王级实力的攻击居然摘不下树叶，就连天王级的火爆猴也采摘的十分费劲，反倒是准冠军的皮卡丘，喷火龙，蜥蜴王等宝可梦采摘起来游刃有余！
地面正在研究树干的小智正实验着时空宝树的知性技能，进入知性领域的小智发现自己开始对周边的视物开始淡漠，并且大脑里凭空出现了许多未曾听闻的知识，如：波导之力也可称为心灵之力，在上古时期波导的勇者被称为“止战之人”也被称为“神兽使者”.......在海量的知识里小智开始搜寻关于魔化的相关消息！
小智真的搜索到了！知识片段里记录着，在上古年间被欺骗的阿尔宙斯为压制住自己残暴的内心凝聚出一块新的石板（事件采用于剧场超克的时空），这块石板没有具体的属性，其主要的力量来自于阿尔宙斯的负面能量，硬要说的话可以被称为“暗黑石板！”后再拿回生命宝玉后便将暗黑石板封印了起来，因为阿尔宙斯知道这块石板是由自己的负能量凝聚而成可发挥出它除去生命宝玉后的实力！所以阿尔宙斯一直十分小心的保存着，却在七百年后调节空间之神帕路奇亚和时间之神帝牙卢卡的时候封印松动了！等想要挽回的时候黑暗石板破封了并幻化成阿尔宙斯的样子，不同的是幻化的阿尔宙斯身体漆黑如墨唯一带有颜色的便是那双血红怨毒的眼睛！
“我阿尔基斯终于破封了！阿尔宙斯你封印了我七百年！，你知道我这七百年是怎么过来的吗！我要求封印你，再去毁灭你创造的这个世界，让你也感受一下这种痛苦！”说着穿越时空离开了虚无的空间！
阿尔宙斯没能拦住阿尔基斯，便准备前去搜寻阿尔基斯！搜寻了整片宝可梦大陆也没有找到阿尔基斯便使用了精神链接联系上了各大地区的一级神祇！将事情的原委告知了他们，提醒他们做好注意与防范便前去其他空间寻找阿尔基斯的下落了！就这样又过了五十年，各地区大陆上出现了不同数量的狂暴宝可梦或是人类！可以得知的是这般残暴的生物都有一个特点，人类浑身会被黑色复杂的条纹覆盖而宝可梦则是会变成浑身漆黑双眼猩红的模样，这些狂暴无差别的攻击的人类被称为堕落者，宝可梦则被称为暗黑宝可梦（如暗黑洛奇亚）！各地区一级神祇也派出了手下的三级神祇前去调查并镇压，可就这样又过去了五十年个地区一级神祇发现狂暴的人类与宝可梦越来越多并且实力也达到了接近一级神祇的实力，一级神们也坐不住了纷纷出关镇压黑暗势力！可是反响并不好，甚至海神洛奇亚身受重伤不得不返回橘子群岛养伤，其他的一级神也或多或少的受了伤，此战虽伤敌一千但自损八百，宝可梦世界平静了一百年。
可突然一天平静的宝可梦世界发生巨震，成都地区人类与宝可梦大量死亡;橘子群岛方向海洋产生无数乱流；丰缘出现史无前例的大海啸和数座火山喷发；众地区则是出现了数量中多了的暗黑宝可梦和堕落者，引起了剧烈的屠杀；卡罗斯则是陆地上生出了众多巨大的黑色藤蔓；阿罗拉陷入了一片黑暗，日月不存；迦勒尔地区则是最惨，地区上空伸出了形同巨手般的生物攻击着人类与宝可梦！唯一还算死比较安全的就是深奥地区虽也有暴乱但都被平息了下来！
此次事件被称为“暗黑末日”，后来各地区的强大宝可梦与人类在出关的各大地区神兽的带领下展开了轰轰烈烈的抗击黑暗的十年被称为“逐暗时代”！
前两年在神兽带领的逐暗者联盟势如破竹平息了神奥与合众地区，但是没想到的是在第三年出现了三级神兽！也是从这一年战事开始转变，暗黑势力极速扩张出现了各种神兽其中不乏一级神，如暗黑洛奇亚，暗黑凤王，暗黑固拉多等一级神！
战争第七年阿尔宙斯终于出关，也是此时的它终于融合了生命宝玉！逐暗者联军在阿尔宙斯的带领下势如破竹，封印了一众暗黑一级神，甚至消灭了暗黑洛奇亚和驱逐了来自异时空的无极汰那（无极汰那不受黑暗控制，只因它被阿尔基斯带到了迦勒尔地区其他一切行动都是他自己的意愿）
此时的阿尔基斯也终于藏不住与阿尔宙斯打了起来，阿尔基斯睁着猩红又愤怒眼睛说道“都是因为你！因为你！”
看着已经处于疯狂的阿尔基斯，阿尔宙斯也没有办法要将他再次封印了起来，阿尔基斯是无比愤怒的看着即将把自己封印的阿尔宙斯。“想要封印我！我也不会让你好受！去死吧！”说着射出了他的专属技能（终焉光束）！
为了不让阿尔基斯逃脱阿尔宙斯硬吃下了这招攻击，成功的将阿尔基斯封印“你等着，阿尔宙斯，我在解封之时便是宝可梦世界毁灭之时！”
阿尔宙斯也不予理会，降下了恩泽治疗了所有人类与宝可梦，便返回了虚无。逐暗者联军也在各地区一级神的带领下彻底谁摧毁了堕落者与暗黑宝可梦的联盟。
就此“逐暗者时代”在惨烈的伤亡率和暗黑联盟的消逝中结束。
小智松了一口气，放下了触碰时空宝树的手，缓解着接受太多信息的大脑。心想道：没想到魔化的宝可梦居然是上古时代的暗黑宝可梦！不过转念一想小智发现了不对的地方，大木博士他们发现了这座岛有着暗黑宝可梦的活动痕迹，那么暗黑宝可梦呢？
小智露出了凝重的表情！