建文二年九月，朱棣借“清君侧”之名南下清剿反贼，此时已经打到了南京城下，南京城里人心惶惶
黑云压城城欲摧，甲光向日金鳞开。
南京皇宫，朱允炆披头散发的在大殿之上大吼大叫，“怎么办？朱棣联合了其他藩王，一起讨伐我，到底怎么办？你们倒是拿个主意啊”
众臣左顾右盼，谁也说不出个办法来。
急的朱允炆直跺脚，不一会殿外来了一侍卫，扑通直接跪倒在朱允炆面前，“报！陛下不好了，北门守将已经投敌了！！”
朱允炆踉跄几步，趴在了地上，人事不省，李景隆赶紧过去抱住皇帝，手一边掐人中，一边喊着皇上，众臣吓得上蹿下跳，不一会，朱允炆悠悠醒来，叹了口气道，“父亲，爷爷，我该怎么办？”
突然一老太监上前说到，“陛下，当年刘伯温老先生留下一个锦囊，是后世君王需要的时候可以打开”
朱允炆立马站了起来，“在哪？快带我去！”
穿过一间一间的屋子，走到一面墙前，墙上卷着一幅画，老太监过去一拉把画展开，正是自己的爷爷朱元璋，只见朱元璋平视左侧的墙，右手扶住腰带，左手指地板。
朱允炆：“快来人，这块地板给我挖开，赶紧，快点挖！”
不一会，地板砖被掀开，露出一个宝匣，打开一看，竟然是一副剃刀和一身和尚衣服。
朱允炆扑通坐在地上，“我明白了”，给朱元璋扣了个头，然后自己给自己剃起了头发。
南京城外，炮火连天，北门大开，军队涌入南京城，城里的守卫士兵一律被红月亮扫清，朱棣一人骑着马慢悠悠行至皇宫，身前是红月亮亲兵，身后是儿子们和藩王的集合兵马，行至殿前，见到诸位大臣。
朱棣：“建文可在大殿？”
方孝孺：“逆贼！先皇怎么生出了你这个逆贼！”朱高煦上去就是一嘴巴子，几拳打倒在地。
朱棣：“唉，方先生是当世大儒，说的也并无道理，我虚心接受”，说完一拱手，“方先生，能不能请您给这件事写一篇檄文，昭告天下事情经过”
方孝孺：“休想！像你这等逆贼，我等誓要杀你而后快！”
朱棣一摆手，不在言语，朱高炽赶紧上前说到，“父王不可，天下初定，还需要这些学士的治理，都杀了那岂不是寒了天下学生的心”，朱棣没有说话，又一摆手，转身进了大殿。
殿外的所有大臣，以及他们的家眷，护卫立刻四散而逃，现场一片狼藉，朱高炽逮住一个走散的小姑娘放到身后逃过一劫，极少数人跑离了现场，其余人全部遇难，屠杀殆尽。
到此，战争结束，历史上将此战称之为靖难之役，逃离的人和不在南京后来被流放的大臣亲人们，共计两万多人，被统称为靖难遗孤。
靖难遗孤终生不可入仕，不可离开流放之地。
大殿内，朱棣穿过一间一间的屋子，走至朱元璋画像前，叹了口气，道：“爹啊，我回来了。”
然后看向屋内的太监，问：“建文去哪了？”
小太监惶恐跪地，“我我不知道”
朱棣：“唉，你别害怕，我就想和他谈谈，不会怎么样的”
小太监：“我真不知道，我只看到一个和尚从屋里后门出去了。”
朱棣：“一个和尚？老二！老二！！”
朱高煦听到话，立马跑进屋内，“怎么了，爹”
朱棣：“封锁南京城，任何人不可进出，另外，去找一个刚梯度的和尚”
朱高煦：“知道了，爹，找和尚干什么？”
朱棣：“建文可能削发穿了和尚衣服跑的”
朱高煦：“好，我这就去。”
朱棣看着朱元璋的画像，又看了看地板空出来的砖，“爹啊，你还真是想的周到。”突然想到了什么。
朱棣：“来人，把这面墙拆了。”指着画像里朱元璋眼睛对着的那面墙。
众人上前把墙拆了，“当啷”一声又有一个宝匣掉落在地上。