沙皇俄国在与我国签订《中俄尼布楚条约》后，又挑拨蒙古族准噶尔部头目噶尔丹发动叛乱。制造我国内部的民族不和。
元朝灭亡后，蒙古族的大部分退回塞外，逐渐形成了漠南蒙古、漠北蒙古、漠西蒙古三大部分；漠南蒙古是清朝最可靠的盟友，漠西蒙古不肯与清朝合作。
漠西蒙古的准噶尔部首领噶尔丹野心勃勃地妄想夺取大片领土，康熙皇帝劝他返回阿尔泰地区，他不但不听，反而想和康熙皇帝较量一下，而且他的行动受到了沙俄的支持，他自以为有了靠山，更加无法无天。
康熙帝看到噶尔丹这样猖狂，而且又威胁到内地的安全，就在康熙二十九年(公元1690年)下令征讨噶尔丹。康熙皇帝御驾亲征，在离北京只有七百里的乌兰布通和准噶尔兵交战。
噶尔丹在乌兰布通摆好了阵势。他依山列成“驼城”，用几万峰骆驼，把它们的脚捆住，让它们卧在地上，在驼背上搭起箱垛，盖上湿毡。士兵们隐藏在“驼城”里发射火器或弓箭；清军隔河列阵，先用大炮轰击“驼城”，炸死不少骆驼，骑兵和步兵随后冲杀过来，大败准噶尔兵。噶尔丹看到清军很强大，知道自己打不过，当晚就把军队撤到高处，第二天一大早就派人来求和。
康熙皇帝接到噶尔丹乞降的报告，担心受骗，命令清军防备噶尔丹，但为时已晚，噶尔丹已经逃走了。
噶尔丹虽然遭受失败，但仍不死心，与俄国的关系也越来越密切，扬言要兴兵深入内地。
康熙皇帝忍无可忍，决定第二次亲征，兵分三路，中路由他亲率。中路军要穿过茫茫沙漠，在沙漠里行军，粮草常常接济不上。康熙皇帝和土兵一起吃干肉，喝马奶，日夜兼程，www.youxs.org。有的大臣怕苦怕累，听说敌人还很远，就很泄气，劝康熙说：“道路迂回曲折，很难走，粮食又供应不上，走了七十多天，还不见敌人，皇上不如暂时先回去吧!”康熙听了非常生气，坚定严肃地说：“朕已告祭了天地宗庙，现在还没见到敌人就回去，让朕如何面对天下百姓?”他当即下令开拔，直奔敌人驻地——克鲁伦河。
噶尔丹根本不相信康熙皇帝会亲征到此，当看到克鲁伦河南岸清营的黄幄龙旗的时候，吓得六神无主，自言自语地说：“哪能来得那么容易!”然后，连夜向西逃去，丢下了无数营帐和贵重的军需备品。
两天以后，西路清军在昭莫多山下和噶尔丹相遇并进行了决战双方整整打了—天，最后清军分作两路，一路横冲入阵，一路偷袭敌军的辎重，噶尔丹阵营大乱，清军大获全胜，杀死叛军一千多人，俘虏了三千多人，这样，噶尔丹的主力几乎完全被消灭了。
康熙皇帝在取得昭莫多的胜利之后，决定将噶尔丹叛军彻底消灭，康熙三十六年(公元1697年)，他第三次亲征，这时的噶尔丹已经众叛亲离了。他左右的亲信不是远逃就是投奔了清营。无论噶尔丹驻扎在哪儿，都不断地有告急的警报，连觉都睡不了。他常常迷惑地对别人说：“世界上的人真是不一样吗?听说皇帝走到沙滩，沙滩就要涌山甘泉，石头上也会长出青草，是天在助他吗；如今我该如何是好呢？”噶尔丹走投无路，最终自杀了。
这次叛乱被平息以后，蒙占地区逐渐安定下来。