由于作案时间被确定为发现尸体前的几分钟，因此最终的嫌疑人被锁定在了平田和明、村泽周一、清水正人和西本健四人之中。
经过简单的询问，四人都没有不在场证明，因此作为第一目击者的西本健便成为了被怀疑的首要对象。
“西本先生，你为什么在那个时间要去播音室那个地方？”目暮警官对此发出了质问。
“是，是黑岩让我六点半去那里，说是有话要跟我说……”
“我看是你主动约对方到播音室，然后将他杀害的吧？”看到对方支支吾吾有所隐瞒的样子，毛利小五郎出言讥讽道，“不然，对方是用什么理由约你出去的，嗯？”
“是清水正人！一定是他杀了我爸爸！！”
就在西本健惊慌失措难以回答之际，黑岩令子突然大喊出声，怀疑清水正人是为了清除竞选的对手所以出手杀人。
就在一群人争吵不休的时候，一旁的柯南倒是在小兰的提醒下，解读出了之前那张乐谱中隐藏的暗号。
“明、白、吗？下、一、个、就、是、你。”
面对听到这句话而惊恐的朝自己看来的众人，柯南解释了暗号的原理，那就是将钢琴上的每个键位按照音阶将26个英文字母对应标记，之后用罗马拼音解读乐谱就可以得到其中的信息。
“那刚刚用血写的乐谱表达的又是什么意思？！”毛利小五郎焦急的催促道。
柯南拿出小本本，开始一个字一个字的解读起来：“业、火、之、火、怨、恨，就、在、此、昭、雪……”
“麻生圭二果然还活着！他来报仇了！！”听到这句话，西本健惊恐的大叫出声。
“怎么可能，麻生先生早在十二年前就升天啦……”
这时，打着哈欠的老巡警从后方慢吞吞的走了过来，继续回忆道：“当时那次火灾，事后对比过遗骸的牙齿，确实是麻生先生一家没错啦，而且保险柜里还留下了一份手写乐谱……”
“乐谱？！”众人闻言同时大惊。
在得知乐谱存放在活动中心的仓库内，但是钥匙却还在派出所时，目暮警官难得的大发雷霆，让老巡警赶紧去取来，而柯南也跟着一起跑出了大门。
看着离开的二人，石野心中一乐，也不去关注那边，而是重新坐回沙发上，闭上眼睛开始休息，准备迎接最后的大戏……
柯南一路上问了老巡警很多关于麻生圭二以前的事，从对方口中得知麻生圭二和西本、黑岩、川岛、龟山四人都是发小，而这四人也是12年前火灾的目击者。
此外还了解到村泽周一是个刀子嘴豆腐心的人，平田秘书为人胆小懦弱，但是经常和川岛在活动中心偷偷见面这些事。
而当两人走到派出所，找了一个小时才把仓库钥匙找到的时候，小兰已经气喘吁吁的赶过来通知他们，活动中心的众人已经先行离开了。
意识到《月光》还有第三乐章，柯南拔腿就往来时的路跑去，小兰和老巡警见状，也不得不跟上他一起跑了起来。
等到三人回到了空无一人的社区活动中心时，柯南一刻不停的就开始催促老巡警开始开门。
与此同时，琴房内传出异常的响动引起了柯南的注意，当他冲进琴房时，一片漆黑之中只看到钢琴旁有一个黑影人，在惊慌之下直接破窗而逃。
他直接冲上前想要追赶对方，却被躺在地上昏迷不醒的村泽周一绊倒。
而他来不及检查村泽的情况，身后又传来小兰的惊叫声，心系女友安危的柯南立刻转身往之前仓库的位置冲去。
之后，便在仓库内，发现了挂在房顶，疑似上吊自杀的西本健、刚刚播放完《月光》第三乐章的录音机，以及落在对方下方的一叠乐谱……
……
“这份乐谱看上去是一封遗书。”不久之后，目暮警官拿着手上的乐谱，开始进行解读。
“根据上面的说法，他是因为杀害了川岛和黑岩而畏罪自杀……”
“上面交代，他和川岛、黑岩、龟山，甚至包括麻生圭二都是犯罪同伙，为了封口才将川岛、黑岩二人杀害。”
“你是说，那个钢琴家也是？！”毛利小五郎闻言大感意外。
“没错，遗书上说乐谱的暗号也是麻生想出来的，他们五人也是通过这种暗号做了一些不可告人的事……”
“这么看，应该是西本听说对方还留有类似的乐谱后，从后窗破窗而入企图盗取乐谱，却没能找到，最后被压力击溃而自杀……”
“并不是自杀哦，因为根本没有垫脚的东西啊？”柯南童音卖萌，出声打断了毛利小五郎的错误判断，“而且遗书不就是让人看的吗？为什么要费力写成暗号啊，太奇怪了吧！”
然后，柯南又把自己半夜在琴房遇到神秘人，以及被袭击晕倒的村泽周一的事告诉了两人，成功获得毛利小五郎奖励的暴栗一颗……
三人随后来到琴房，见到了头部已经被浅井成实仔细包扎过，但依然昏迷不醒的村泽周一。
在黑岩令子怒声质问警察为什么没有把清水正人抓起来，导致自己的未婚夫惨遭毒手的时候，柯南却从村泽的手边找到了一把钢琴的调音扳手……
当目暮警官宣布将所有嫌疑人都带到村办事处，并且让警员将昏迷不醒的村泽也一同抬走后，柯南却留在原地，开始摸索起钢琴的底部。
留在琴房门口还没离开的石野，再一次不留痕迹的把柯南找到暗格，并将落在地上的粉末放入口中的过程录了下来。
工藤夫妇到底在夏威夷给自家孩子都教了些什么啊，石野在心中忍不住吐槽……
……
来到村办事处后，柯南发现平田秘书手上缠着绷带，隐隐渗出血迹，便在对方去自动售货机买烟的时候，试探出了对方和藏匿毒品有关，并且是袭击村泽的犯人。
而当鉴识人员将第二起命案的现场照片冲洗出来之后，柯南看到照片上黑岩尸体边的红点时，终于灵光一闪，脑内的所有线索都被串联了起来。
只不过当他将毛利小五郎引导到二楼播音室的同时，却没注意到此前一直和他们一起行动的某位记者，此时却没有一同来到村办事处……