在回到主世界数天之后，系统提示音再次响起！
[叮~本次世界穿越开启，请宿主做好准备]
[叮~本次穿越世界：哥斯拉]
“开始穿越！”
早就等的不耐烦的李林直接向系统下达指令，开始穿越！
……
哥斯拉
1954年，美国发现因为核武器而被唤醒、具有超强破坏力的巨兽“哥斯拉”，并试图使用核弹将哥斯拉消灭！
然而最后只能使哥斯拉沉睡在太平洋深处，以后各国便联合展开“帝王计划”，以研究彻底消灭怪兽之方法！
1999年，菲律宾某矿区发生地震，参与“帝王计划”的学者芹泽市朗前往调查，在陷坑中发现了虫形怪兽“MUTO（穆托）”的石化卵囊，还发现有只孵化的穆托已经逃逸！
同年，日本一所核电厂，因为未知原因的地震引发辐射外泄，工程师乔·布罗迪的妻子遇难！
15年后，乔·布罗迪的儿子福特，现为美国海军中尉，专长为拆弹爆破。某日，福特接到日方的来电，他的父亲因擅闯废核电厂管制区遭逮捕，需要亲人前往保释！原来乔15年来一直执著在辐射外泄真相的追查，为此与试图忘却丧母伤痛的福特渐渐疏远，妻子艾丽鼓励福特前往日本顺道修补父子关系。
将父亲保释出后，福特在乔的说服下，两人前往废核电厂管制区寻找证据遗物，却赫然发现早已没有辐射污染。
乔和福特顺利找到证物，却在归途中被军人抓捕，押送到核电厂废墟后面隐藏的一个基地。而这个基地是“帝王计划”的研究场所，研究一个穆托的蛹，并设法困住它！
领队芹泽得知乔曾是核电厂的工程师，听闻乔和保安的对话，以及从他身上搜出的资料，发现他和乔怀疑的核电厂事故发生原因竟然相同，是以吸收核辐射为生的怪兽穆托所造成的！
蛹内的穆托，一直以来有与外界周期性沟通的迹象，但不知作用为何。然而此时穆托发出的频率越来越频繁，芹泽只好启动电网，意图杀死穆托，然而失败！
穆托发动电磁脉冲瘫痪了研究所内的电子设备，乔和福特也趁此机会顺利逃离。但在此时穆托破茧而出，毁坏了大半的研究所，混乱当中乔从高处摔下，送院途中不治身亡，而穆托朝着太平洋另一端振翅而去！
发现怪兽出没的美国军方，已在太平洋周边进行防御部署。芹泽告知军方：“以穆托的破坏力，人类的武器无法与之抗衡”！
恰巧因穆托与外界沟通期间，也侦测到哥斯拉苏醒的回应，芹泽大胆推断人类需借助哥斯拉的威力来消灭穆托！
然而美军指挥官担心会伤及无辜，表示不予认同！两头怪兽在城市里厮杀无疑会造成更大的破坏！
在父亲身亡后，才知道了他说的属实的福特，也担心怪兽会对家人造成伤害，向军方贡献力量，借此顺道返回美国！
而后美军以监督护卫的方式，跟随哥斯拉经过了遭穆托肆虐的夏威夷而到达美国本土内华达州；原来也有一只雌性穆托潜伏在美国内陆，以赌城附近的核废料场为生！
与在日本的雄性穆托经过沟通联络上后，欲在旧金山会合而达到繁殖的目的，沿途摧毁了以拉斯维加斯为主的城区！
哥斯拉则侦测到穆托们的呼唤而展开追击，以维持自然界的平衡！
然而美军却打算以核弹引诱穆托，再以穆托引诱哥斯拉，打算借由核弹的爆炸威力同时杀死这三只巨兽。因为穆托的电磁脉冲能瘫痪电子军武，核弹的引爆装置被改成传统倒数器来替代。
在用火车运送引诱用的核弹头时却被雌穆托劫车，而最后剩下的那颗核弹在海上的运送过程中被雄穆托抢走，赠予雌穆托，当作穆托幼体们的食物来源！
雌穆托收下核弹后，就地挖坑制作卵巢。人类军方为了不让那枚定时核弹在城市中央爆炸，只能派出一队拆弹小组潜入穆托卵巢拆除核弹！
被穆托抢走的核弹由于倒数器未被停止，只剩数十分钟后会引爆，为了阻止爆炸，福特和其他军人从上空空投到战场上，希望能将核弹给拆解，避免核弹爆炸的威力波及数万人的生命。
哥斯拉此时正在城市内和赶来的雄性穆托相遇，两头巨兽随即展开了战斗！由于体型相差太多的缘故，雄性穆托并不是对手，很快败下阵来！
紧接着哥斯拉向着雌性穆托所在地追击，而这时产卵完成的雌性穆托也迎了上去，随即展开了厮杀！
单个的穆托在哥斯拉强大的体型面前完全不堪一击，不一会儿雌性穆托就已经节节败退，眼看就要再次落败！
而这时，先前的雄性穆托赶了回来加入战斗，一对二大战哥斯拉，局面立马反转！
美军找到核弹，但因倒数器坏掉无法拆解，只好将核弹带往一公里外的港边。此时福特准备以油罐车内的石油将穆托卵全数烧尽！
雌穆托被爆炸的火光吸引，怒吼着前往巢穴查看，而哥斯拉趁着这段空隙射出了两发原子吐息重击雌穆托。
飞来救援的雄穆托则被哥斯拉用巨尾甩击打死在大楼上，但却因撞击的力道过强导致大楼坍塌，使得哥斯拉自己被大楼埋没！
此时雌穆托打算摄取已被运到港口边的核弹内部辐射，并对反抗的军人们疯狂屠杀！
福特趁着雌穆托被其他军人吸引时，把放置核弹的船开往海上，但却再度被雌穆托给追上！
就在福特举起手枪打算做最后的抵抗时，雌穆托被再次出现的哥斯拉咬中要害失去抵抗力！！
两兽随即在海上展开了战斗……